Before Watching Thrice Upon A Time

《新世紀福音戰士劇場版：序》

15年前，一場前所未有的大災難「第二次衝擊」席捲全球，令半數人類死亡，世界各地亦留下了大破壞。15年後，14歲的少年碇真嗣被三年未見面的父親碇源堂召來第3新東京市，等待接載時，看見聯合國軍隊正在和使徒激烈交戰。使徒展開AT力場，將攻擊通通擋下。真嗣受到波及陷入危機，前來接迎的葛城美里將他救出，並載著他來到特務機關NERV本部。真嗣和父親久別重逢，卻馬上被父親要求駕駛初號機對抗使徒。雖然真嗣採取反抗態度，但在看到要替補他的綾波麗的傷勢後，終於拋下逃避的念頭，決意出擊。

真嗣在未受任何訓練之下成功啟動初號機，在地面與使徒對峙，結果因為操縱不靈活和恐懼而毫無招架之力，被使徒痛擊至無法動彈。真嗣失去意識後，初號機自行動了起來，如野獸般擊倒使徒，使徒自爆後初號機仍毫髮無傷。昏迷中的真嗣做了一段耐人尋味的夢，後來在醫院醒來。

雖然真嗣達成了任務，父子關係依舊僵持。真嗣被安排在NERV住下來，不過美里主動請命上級讓真嗣搬到她的公寓，真嗣也開始到新的中學上課。在轉學第一天，真嗣被同學冬二以妹妹在使徒事故中受傷為由毆打。第5使徒來襲時，真嗣的表現因沮喪和前次出戰的恐懼而大受影響，沒多久就遭到壓制無法反擊。戰鬥到一半時，沒有去避難、溜出來觀戰的冬二和劍介差點被波及，美里要真嗣保護兩人後撤退，但真嗣反覆告訴自己不能逃避，在能源所剩無幾時奮不顧身使用高震動粒子刀與使徒硬碰硬。最後真嗣殲滅使徒，但他也幾近崩潰。事後，真嗣因為違反軍令遭到美里訓斥，他心灰意冷之下離家出走，之後被帶回。

真嗣回到NERV後，受託將新的通行證拿給綾波，因此與她有了意外的近距離接觸。然而綾波始終對真嗣冷淡，甚至因為真嗣抱怨源堂的事而打了他。之後第6使徒來襲，真嗣奉命出擊，卻馬上遭到高能量攻擊，性命垂危。第6使徒開始轉換型態，將鑽頭往地下都市的NERV本部鑽去，預計抵達時間不到半天。因為無法使用EVA與使徒近身戰鬥，美里決定啟動屋島作戰計劃，由EVA操作戰略自衛隊秘密試作的陽電子炮狙擊使徒，並得徵調全國電力作為能源。

真嗣甦醒後馬上被告知作戰行動，不由得又陷入了抗拒，美里於是帶著他到最底層，讓他見識NERV為了避免第三次衝擊發生而拼命守護的對象——第2使徒莉莉絲。在美里的說服下，真嗣同意再次出擊。射擊的責任交付到初號機身上，綾波則駕駛零號機持盾掩護。第一次射擊雖然命中了核，但使徒卻在激烈變形之後復原，並予以反擊。初號機受到了衝擊，真嗣一時之間啜泣不止。源堂下令改由零射擊，但美里選擇相信真嗣，真嗣振作之後也撿起陽電子炮繼續任務。使徒發射了第二發攻擊，零號機持盾極為勉強地擋下，讓真嗣有機會開炮，成功消滅使徒。在使徒死後的一片狼藉中，真嗣讓零號機的插入栓釋出，並急忙打開插入栓查探綾波的狀況。綾波沒有什麼大礙，看著喜極而泣的真嗣而不知如何應對，真嗣告訴她只要露出笑容就好，綾波於是對著他一笑。

在月球上的NERV第七支部，一個赤裸的少年渚薰從一個箱子中醒來，他是EVA六號機的駕駛員，也是最後一個使徒。他對真嗣表示出了興趣，並期待著與他見面。

《新世紀福音戰士劇場版：破》

在舊北極的伯達尼基地，被解剖了的第3使徒逃脫封印，隨後由真希波駕駛EVA暫設5號機迎擊。受到重創的5號機破壞使徒核心後，插入栓脫離、機體自爆。 鏡頭轉到第3新東京市，碇真嗣與父親源堂到母親碇唯的墓碑前掃墓。回途中第7使徒來襲，明日香駕駛EVA2號機登場迎擊、將其殲滅。之後明日香與真嗣一樣搬到了葛城美里家，並轉學到了同一所學校。

加持良治邀請真嗣、綾波麗、冬二、劍介以及明日香參觀將紅色海水還原的機構，真嗣在加持的話語中知道了美里加入NERV的原因，也就是第二次衝擊。衛星軌道上出現的第8使徒發動重力攻擊，美里制定三架EVA共同作戰計劃。在使徒快要墜落於第3新東京市時，初號機用AT力場承接，核心則由零號機固定，2號機將其擊破。初號機和零號機都受了相當嚴重的損傷，修理期間真嗣等人度過了一段快樂的校園時光。另一方面，月球表面的塔布加基地正在建造一台新的EVA。

NERV北美第2支部進行的EVA4號機試驗導致支部被毀滅。之後3號機移交日本，並安排於松代進行啟動實驗。礙於「梵諦岡條約」規定一國只能有三架EVA，2號機遭到封印，明日香轉而擔任3號機啟動實驗的測試駕駛員。實驗當天，明日香搭乘的3號機被使徒入侵並引起爆炸。之後認定為第9使徒，源堂命令初號機出擊，真嗣因為知道明日香在插入栓內而無法出手。之後在源堂的命令下初號機轉由傀儡系統操控，最終以暴力的戰鬥方式將3號機分屍並咬碎3號機插入栓。奇蹟生還的明日香因可能遭受使徒的精神污染而被隔離。自責的真嗣決定不再駕駛EVA並離家出走。

最強的拒絕型第10使徒來襲，秘密入境的真希波駕駛2號機在地下空間迎擊使徒。第10使徒的AT力場非常強，即使2號機變身獸化第2形態仍然不敵。之後零號機手持N2航空誘導彈零距離攻擊使徒核心也失敗了。結果零號機被使徒捕食，吸収了零號機和綾波的第10使徒變身人型。目睹使徒造成的慘狀及零號機被捕食後，真嗣又決定駕駛初號機出擊。一番戰鬥後，初號機電源耗盡、活動停止。在真嗣喊出「把綾波……還給我！」之後，初號機覺醒成「接近神的存在」，拘束具脫落。依靠這力量完全壓制第10使徒，並從使徒中救出綾波。最終變身「光之巨人」，引發第三次衝擊。

渚薰駕駛6號機趕到，以卡西烏斯之槍貫穿初號機，第三次衝擊中止。

《新世紀福音戰士劇場版：Q》

葛城美里領導部分前NERV成員組成反NERV組織WILLE，對NERV的EVA進行殲滅行動。WILLE所屬EVA改2號機（搭乗者：明日香）和8號機（搭乗者：真希波）在衛星軌道上對被NERV封印的初號機進行奪回作戰——US作戰。

改2號機受到自動防衛系統Mk.04A的攻擊，在8號機的援護射擊下進行突破。接着遭到與初號機收容在一起的Mk.04B的阻擊而面臨墜入大氣層燒毀的危險，明日香向真嗣求救，暫時覺醒的初號機將Mk.04B消滅，2號機和初號機一同返回地球。作戰成功。

在WILLE的戰艦AAA Wunder上醒來的真嗣，於14年之後重遇葛城美里和明日香等WILLE成員。眾人認為真嗣是引起「近第三次衝擊」的元兇而冷待他；並警告他不得再駕駛EVA，更強行要他佩戴能致死的項圈DSS Choker，以免他駕駛EVA時因自身感情引發EVA覺醒而失控。眾人又告訴真嗣14年前綾波麗並未獲救。

Wunder遭「涅墨西斯系列」4機的襲擊，擁有「弒神之力」的Wunder炮擊並消滅對方。之後NERV所屬的EVA Mark.09前來襲擊Wunder，真嗣誤認Mark.09為零號機，並聽出駕駛員為綾波麗的聲音，隨後無視葛城美里的警告而同Mark.09一道前往NERV。8號機出擊阻截Mark.09失敗，但葛城美里始終沒有啟動DSS Choker，讓Mark.09帶着真嗣離開了啟動範圍。

地表之上的第3新東京市早已消失，回到被摧毀的NERV總部的真嗣，接到碇源堂命令，要與渚薰一起駕駛EVA第13號機。

真嗣在得知綾波麗依然活着，並在鋼琴二重奏中與渚薰熟稔後逐漸重新振作。但真嗣稍後從薰得知自己在14年前引發「近第三次衝擊」，導致地球生命滅絕，之後再從冬月副司令口中得知初號機核心是母親唯之靈魂寄宿其中，而唯之基因數據被保存起來製作成複製人綾波麗系列，當年認識的綾波麗被吸收到初號機之中，而且一切都是碇源堂之計劃，真嗣對於未能真正救出綾波，面對眼前全無記憶及情感之另一位綾波更感到絕望。

第13號機完成後，絕望之真嗣本來拒絕行動。渚薰為真嗣拆除DSS項圈，把它戴到自己的脖子上並說︰「當第13號機手持朗基努斯與卡西烏斯兩把槍，就能讓世界重新來過」，再次給予真嗣希望，成功說服真嗣一同駕駛第13號機。

第13號機同綾波麗駕駛的Mark.09一起抵達了中央大垂直溝最深處，薰看到Lilith上的EVA Mark.06被兩把朗基努斯長槍貫穿驚覺有異，陷入一陣思考。此時明日香的改2號機和真希波的8號機來襲，薰無暇解釋而只能勸阻真嗣拔出槍，但一心希望重獲眾人認同的真嗣強行切斷薰對EVA的控制權並拔出了兩把槍。之後，第2使徒Lilith的屍骸崩解，潛藏在Mark.06體內的第12使徒再度活動，並在Mark.09將Mark.06的頭斬落時，以黑色帶狀形態纏繞第13號機。結果第13號機覺醒，使全身佈滿核心的第12使徒迅速縮小並將之吞噬。吞下使徒的第13號機進入疑似神化形態並飛上空中打算發動第四次衝擊。

真嗣驚愕地目睹第四次衝擊開始並再次摧毀地表。葛城美里率領Wunder攻擊第13號機以制止衝擊；但碇源堂命複製綾波麗利用Wunder原主人Mark.09趁機搶奪Wunder控制權。明日香透過「代號777」將改2號機獸化與Mark.09交戰，並把Mark.09的頭擰斷後無法殲滅而使其再生；雙方駕駛員強行射出插入栓，改2號機最終自爆將Mark.09殲滅。

在第13號機內，薰安慰自責的真嗣，告知他會阻止第四次衝擊，先用兩枝槍刺穿第13號機的核心，接着讓DSS項圈爆炸，然而直至真希波強行拔出真嗣的插入栓才完全停止。

真希波和8號機隨同AAA Wunder離開。逃出改2號機的明日香在地上廢墟找到真嗣的插入栓，發現他再度失去鬥志，只得把他拽出艙外。此時，從Mark.09逃出的複製綾波麗出現，於是三人一起走向遠方等待救援。